Der Fischotter war einst in Österreich weit verbreitet. Jahrhundertelange Verfolgung, Zerstörung der Lebensräume und Umweltgifte führten dazu, dass er Mitte der 1980er Jahre nur noch entlang der Grenze zu Tschechien und Ungarn und dort auch nur mehr sehr selten anzutreffen war. In den letzten Jahrzehnten hat sich die Art erfreulicherweise wieder ohne menschliches Zutun ausgebreitet. Da die Nahrung des Otters zu einem großen Teil aus Fischen besteht, führt seine Anwesenheit aber auch zu Konflikten mit Fischteichbewirtschaftern und Fischereirechtsinhabern an Fließgewässern. Mit Verweis auf wirtschaftliche Verluste und mit anderen Begründungen werden vielerorts von Angelfischern und Teichwirten Bestandsregulierungen als unabdingbar dargestellt und Schadenersatzforderungen erhoben. Die Behörden in den einzelnen Bundesländern gehen mit den Konflikten sehr unterschiedlich um. Maßgeblich sind die rechtlichen Rahmenbedingungen, die einen strengen Schutz der Tierart vorsehen, aber unter engen Bestimmungen auch behördlich genehmigte Eingriffe in die Population erlauben.
Der Naturschutzbund sieht den Fischotter als natürliches Element unserer heimischen Ökosysteme und freut sich über seine Rückkehr. Er erkennt aber auch an, dass das Zusammenleben zwischen dem Fischotter und dem Menschen in einigen Bereichen eine Herausforderung darstellt. Die FFH-Richtlinie sieht mehrere Ausnahmemöglichkeiten vom grundsätzlichen Eingriffsverbot vor. In all den rechtlich möglichen Fällen muss ausnahmslos nach den strikten Vorgaben der Richtlinie vorgegangen werden. Der Ausnahmegrund der Tötung von Fischottern zum Schutz anderer wildlebender Tierarten ist allerdings aufgrund fehlender wissenschaftlicher Beweise und der vielerorts von Menschenhand gestörten Lebensräume bis dato nicht begründbar.
Grundsätzlich ist der Naturschutzbund davon überzeugt, dass unabhängig vom ökologischen Erhaltungszustand der Fischotterpopulation die Entnahme von Ottern keine nachhaltige Lösung zur Minderung von Fischbestandsrückgängen in Fließgewässern oder Fischverlusten in Teichen sein kann. Frei gewordene Otterreviere (z.B. aufgrund von Abschüssen) werden rasch von anderen Individuen besiedelt und die Konflikte bleiben bestehen. Darüber hinaus kommen Fischotterjunge rund ums Jahr zur Welt und sind etwa ein Jahr lang vom Muttertier abhängig. Es muss sichergestellt werden, dass keine laktierenden oder führenden Weibchen geschossen werden, um ein leidvolles Sterben von Jungtieren auszuschließen.