Aus waldbaulicher Sicht können Auwälder als produktive Standorte in dynamischen Ökosystemen beschrieben werden. Die hohe Produktivität zeigt sich auch in der Tendenz zur „Verwilderung“ bzw. Verunkrautung der Flächen. Wenn sich ein Grundbesitzer entscheidet, eine Auwaldfläche forstwirtschaftlich zu nutzen, ist generell eine naturverträgliche Bewirtschaftung der Flächen zu empfehlen.
Die Weichholzau im Gewässernahbereich mit Schwarzpappeln und Weidenarten, ist heutzutage ein Relikt, da die dynamischen Bedingungen entlang der regulierten Fließstrecken so gut wie vollständig fehlen. Neben wasserwirtschaftlichen Maßnahmen, können die Sicherung bestehender Naturwaldzellen oder Bestandsumwandlungen von Fichtenaufforstungen sowie das Einbringen von seltenen Baumarten wie der Schwarzpappel helfen, die Weichholzau zu schützen. Der Bereich der Hartholzau ist vom Gewässersystem weniger beeinflusst als die Weichholzau. Sie eignet sich z.B. zur Produktion von Edellaubhölzern, wie Eiche, Kirsche oder Ahorn.
Generelle waldbauliche Empfehlungen für Auen sind:
Auf den meisten Auwaldstandorten kann mit einem guten Naturverjüngungspotential gerechnet werden. Besonders ausgeprägt ist dieses bei Weißpappel, Esche, Eiche und Ahorn. Der starke Unterwuchs und die „Verwilderung“ erfordern allerdings eine intensive Jungwuchspflege.
Andere Baumarten kommen aufgrund des starken Unterwuchses in der Regel schwer auf, so dass zusätzlich aufgeforstet werden kann. Wichtig dabei ist, dass ausschließlich auf heimische Arten zurückgegriffen wird, die für eine Au typisch sind. Nadelbäume sind das nur in Ausnahmefällen.
Invasive Neophyten, wie Götterbaum, Eschenahorn oder Robinie, sind zu vermeiden. Denn im Sinne des Schutzes ursprünglicher Lebensraumtypen sollte eine standortheimische Baumartenzusammensetzung angestrebt werden.
Die Waldbewirtschaftung spielt eine bedeutende Rolle, wenn es darum geht, Auen zu revitalisieren und das vielfältige Lebensraummosaik zu erhalten.
Der Mensch hat vor allem in den letzten zwei Jahrhunderten stark in die natürliche Dynamik von Fliessgewässern eingegriffen – mit erheblichen Auswirkungen auf die Vegetation. Indem die Gewässer in enge Korsette gezwängt wurden, entstanden stabilere und trockenere Pflanzengesellschaften, die für Auengebiete weniger typisch sind: In solchen „korrigierten“ Systemen dominieren Arten der Hartholz-Mischwälder, Forste oder von (am Ende einer Sukzession stehenden) Klimaxwäldern.
Oberstes Ziel des Auenschutzes ist die Erhaltung oder Wiederherstellung der Fliessgewässerdynamik. Hier können waldbauliche Maßnahmen die Revitalisierung und Wiederherstellung der Dynamik unterstützen. Sie können zur Erhaltung des Lebensraummosaiks beitragen und dafür sorgen, dass eine dem natürlichen Auensystem ähnliche Vegetation entsteht.