Die Abflussphasen eines Flusses haben für Auenlandschaften eine substantielle Bedeutung. Die Wirkung auf Flussmorphologie, Sediment und Struktur sind tiefgreifend, obwohl Starkhochwässer nur unregelmäßig und mehrjährig vorkommen. Überschwemmungen prägen den Auenwasserhaushalt massiv. Durch Hochwasser und Abfluss entsteht viel Energie. Diese Energie spielt eine wichtige Rolle bei Erosionsprozessen, birgt ein hohes Transportpotenzial, beeinflusst Reibung und Verformung.
(Zer-)Störung bedeutet für die Natur nicht immer etwas Negatives, durch sie eröffnen sich viel mehr neue Wege für Flora und Fauna. Treten Hochwässer in regelmäßigen Abständen auf, passen sich Lebensgemeinschaften, Waldgesellschaften und Arten an die Überflutung an. Die Ökosysteme können von dieser Regelmäßigkeit sogar profitieren.
Mehr Wasser und Überschwemmungen bedeuten mehr Dünger für die Pflanzenwelt, Fische nutzen die Flächen zum Ablaichen und für „Urzeitkrebse“ entsteht Raum für ihren Reproduktionszyklus. Die Dynamik und Bewegung der Wassermassen hilft, Samen zu verbreiten und begünstigt die Entstehung von Keimbeeten im Flussbett für Pionierpflanzen und die Verjüngung der Weiden.
Auen können vor allem auch in der Kulturlandschaft als Pufferzonen angesehen werden: Puffer zur landwirtschaftlichen Nutzung, zum Siedlungsraum (als Erholungsräume) oder als Pufferzonen zwischen verschiedenen Nutzungen in der Landschaft. Die Auobjekte benötigen allerdings selbst Pufferzonen, nicht zuletzt aus Gründen des Artenschutzes und zur Erhaltung von Ruhezonen.